qual arquivo dentro da pasta do aplicativo ficam armazenados quando existentes o conteúdo do histórico de navegação?

'History'

Faço a mesma pergunta para os favoritos

'Bookmarks'

Imendando já solicito uma alternativa para recuperação de histórico e favoritos apagados.

A alternativa é recuperá-los a partir de um backup que você tenha feito.

No caso dos 'favoritos', caso tenham sido apagados a partir do Opera, você pode tentar recuperá-los na lixeira do gerenciador de 'marcadores'.