Hola! File System no debería tener ese tamaño, en mi caso por ejemplo tiene 130 kb.
Una alternativa es renombrar la carpeta (con Opera cerrado) y verifica que todo funciona correctamente por un tiempo. Luego, puedes proceder a borrarla. Opera por seguro que la recrea.
Otra opción es utilizar una extensión para administrar todo lo que es cookies y archivos no necesarios de Opera. Por ejemplo,
https://addons.opera.com/es-419/extensions/details/cache-cleaner/
Aclaro que no tengo ninguna relación con la misma. Soy de desconfiar un poco de todo lo que sea "proceso automático de borrado". Por eso yo elegiría la primera opción.
Saludos!