Recien installe Opera y me encontré con la misma dificultad de sincronizar con el teléfono. Entraba a leer el QR mediante Flow sin problema pero en el teléfono me mostraba el código de verificación y en la PC solo me validaba que la cuenta ya estaba conectada - pero no sincronizaba.
Finalmente descubrí que puedes ir a https://opera.com/connect y mediante esta página establecer la conexión. Esta funcionó a la primera.