Die neuen E-Mails exportieren und dann dein Backup zurückspielen und die neuen E-Mails wieder importieren. Den Ex- und Import kannst du dir sparen, wenn du bei POP3 die E-Mails auf dem Server lässt oder IMAP nutzt.
Alternativ:
Opera Mail beenden und das Mailverzeichnis umbenennen. Beim nächsten Start alles neu einrichten und anschließend die E-Mails aus dem umbenannten Mailverzeichnis per MBOX-Import importieren. Solltest du bei POP3 die E-Mails auf dem Server lassen oder gar IMAP benutzen, kannst du dir den Import sparen.