У меня была точно такая-же проблема с первым запуском. Думаю это связано с автообновлением.
У себя лечил таким путем:
1 - В свойствах ярлыка с которого запускаю Оперу (у меня закреплен на панели задач) прописал: "C:\Program Files (x86)\Opera\launcher.exe" --disable-update
2 - Из папки с номеров версии удалил файл - installer.exe (пример: C:\Program Files (x86)\Opera\38.0.2220.31)
Теперь Опера запускается за 5 секунд, минус всего этого - обновления теперь надо проверять (загружать) вручную:
http://www.opera.com/download/get/?partner=www&opsys=Windows
П.С.: при каждом обновлении процедуру придется повторять (удаление installer.exe)