Opera_31.0.1889.174 для Windows7 тоже по 2 закладки в Панели закладок синхронизируется. Та же беда и на Android, и на Ubuntu.
При создании новой учетки и синхронизации через нее, все синхронизируется нормально. Сделайте возможность редактировать закладки , как было в Opera Links