メニューよりブックマークの階層化されたフォルダを指定し、右クリックにて
「すべて開く」を選択した場合、Ver.12.16(12.17) では指定フォルダ直下の
ブックマークのみを開く対象としていた動作が、Chromiumベースのバージョン
では、指定フォルダ以下の層の全サブフォルダ内のブックマークを開く対象と
してしまうようになりました。

Google Chrome や Firefox は、Opera 12.16(12.17) 同様に指定フォルダ
直下のブックマークのみを開く対象としていますし、ユーザーインターフェース
としては、こちらの方が一般的ではないでしょうか？

意図的に Ver.12.16(12.17) の思想から設計変更したということであれば、尊重
したと思いますが、単にブックマーク周りの実装に手が行き届いていない状況
なのであれば、不具合対応いただきたく、お願い申し上げます。